领到台湾居留证后，只要在居留证的效期内，港澳人士停留在台湾的时间没有限制，可自由出入境不须额外申请签证。除了不能领取台湾居民补助、没有投票权、没有台湾护照、不能出任公职之外，其他待遇都跟台湾居民一样，例如同样拥有保健福利、可以考驾使执照、手机上台、贷款置业、做生意等等。

即使领到台湾居留证，仍可同时持有外国身分证及护照，亦不会影响其功能及权益。

若日后想入籍台湾，只要持有居留证并在台湾居住满一年，且出境不超过30天，即可向台湾移民署申请定居证入籍台湾，之后换拎台湾身分证。

台湾男性凡年满18岁之翌年一月一日起需服兵役，至届满三十六岁之年十二月三十一日除役，台湾男性皆有服兵役之义务，但持有台湾居留证身份者无须服役。